Các cơ quan và tổ chức trong hệ thống Liên Hợp Quốc đã ngày càng giải quyết các vấn đề nhân quyền liên quan đến khuynh hướng tình dục, bản dạng giới và tình trạng xen kẽ trong những năm gần đây.[10] Một cột mốc quan trọng và ban đầu là vào năm 1994 khi Tổ chức Y tế Thế giới làm rõ rằng đồng tính không phải là một rối loạn cũng không phải là một căn bệnh khi nó loại bỏ xu hướng tình dục khỏi Bảng phân loại bệnh tật quốc tế.[10]

Kể từ đó, các tổ chức khác của Liên Hợp Quốc đã nỗ lực lồng ghép các vấn đề liên quan đến người LGBTI vào công việc của họ, bao gồm OHCHR, Chương trình Phát triển Liên hợp quốc (UNDP), Quỹ Nhi đồng Liên hợp quốc (UNICEF), Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Liên Hợp Quốc (UNESCO), Văn phòng Cao ủy Liên hợp quốc về người tị nạn (UNHCR), Tổ chức Lao động Quốc tế (ILO), Quỹ Dân số Liên hợp quốc (UNFPA) và Chương trình phối hợp của Liên hợp quốc về HIV/AIDS (UNAIDS).[10] Ví dụ, vào năm 2013, ILO đã ban hành kết quả của một nghiên cứu thí điểm về phân biệt đối xử trên cơ sở xu hướng tình dục và bản dạng giới;[10] trong năm 2014, UNDP đã phát hành tài liệu thảo luận về sức khỏe và quyền con người của người chuyển giới; cũng trong năm đó, UNICEF đã xuất bản một bài báo về xóa bỏ phân biệt đối xử đối với trẻ em và cha mẹ dựa trên khuynh hướng tình dục và/hoặc bản dạng giới ;[10] và kể từ năm 2013, OHCHR đã dành những nỗ lực không ngừng để tạo ra một chiến dịch nâng cao nhận thức đa hướng, tự do & bình đẳng, liên quan đến quyền con người của những người LGBTI.[10]

Năm 2014, OHCHR, UNDP, UNFPA, UNHCR, UNICEF, Phụ nữ Liên Hợp Quốc, ILO, UNESCO, WHO, Ngân hàng Thế giới và UNAIDS đã ban hành một báo cáo chung cung cấp một bản báo cáo tổng hợp về công việc của các cơ quan của Liên hợp quốc trong việc chống phân biệt đối xử và bạo lực dựa trên khuynh hướng tình dục và bản dạng giới cũng như các công việc liên quan hỗ trợ cộng đồng LGBTI trên toàn thế giới, cùng với danh sách liên hệ của các đầu mối trong mỗi cơ quan của Liên hợp quốc và các liên kết và tham chiếu đến các tài liệu, báo cáo và các tài liệu khác có thể được tham khảo để biết thêm thông tin.[10]

Năm 2015, ILO, OHCHR, UNAIDS, UNDP, UNESCO, UNFPA, UNHCR, UNICEF, UNODC, UN Women, WFP và WHO đã ban hành một tuyên bố chung kêu gọi các quốc gia hành động khẩn cấp để chấm dứt bạo lực và phân biệt đối xử đối với người lớn, thanh thiếu niên và trẻ em LGBTI.[10]